Karol Józef Wojtyła dilahirkan pada 18 Mei 1920 di Wadowice, Poland. Ibu bapanya ialah Karol Wojtyła dan Emilia Kaczorowska. Beliau ialah anak bongsu yang paling muda.[5] Beliau berusia sembilan tahun ketika ibunya meninggal dunia pada tahun 1929. Bapanya menyokongnya supaya beliau dapat belajar. Abangnya ialah seorang doktor. Beliau meninggal dunia ketika Wojtyla berusia dua belas tahun. Beliau kehilangan semua orang dalam keluarganya — kakak perempuan, abang, ibu, dan ayah — sebelum menjadi paderi. Wojtyła juga meminati sukan. Beliau suka bermain bola sepak[6] sebagai penjaga gol.[7]

Wojtyła pergi ke sekolah tinggi Marcin Wadowita di Wadowice. Pada tahun 1938, beliau mempelajari drama di Universiti Jagiellonian di Kraków.[5] Beliau bekerja sebagai pustakawan sukarela. Beliau seorang atlet, pelakon, dan pengarang drama. Beliau melakukan latihan ketenteraan selama dua bulan di Akademik Legion. Latihan ini adalah wajib. Beliau tidak akan memegang atau menembak senjata.[8]

Apabila beliau masih muda, beliau bertemu dengan ramai orang Yahudi. Mereka tinggal di kawasan itu. Pada tahun 1939, tentera Nazi menutup Universiti Jagiellonian. Semua lelaki, kecuali orang kurang upaya, perlu mempunyai pekerjaan. Dari 1940 hingga 1944, Wojtyła bekerja di sebuah restoran. Beliau juga bekerja di sebuah kuari batu kapur, dan kemudian sebagai seorang penjual untuk sebuah kilang kimia. Beliau tidak mahu dihantar ke Jerman. Sekiranya beliau dihantar, beliau akan menyertai tentera Jerman. Bapanya meninggal dunia akibat serangan jantung pada Februari 1941.

Pada 29 Februari 1944, Wojtyła dilanggar oleh trak Jerman (lori). Beliau fikir beliau akan dirawat dengan teruk. Pegawai Jerman menghantarnya ke hospital. Beliau menghabiskan dua minggu di sana dengan kecederaan di kepala dan bahu. Pada masa ini beliau memutuskan bahawa beliau mesti menjadi paderi. Apabila beliau meninggalkan hospital, lelaki muda Poland itu dihantar ke Jerman untuk latihan. Dia melarikan diri ke rumah Uskup Agung. Beliau bersembunyi di sana sehingga selepas perang. Pada malam 17 Januari 1945, orang Jerman meninggalkan bandar itu. Para paderi dan guru serta pelajar kembali ke seminari. Terdapat pembersihan yang besar untuk dilakukan. Wojtyła menawarkan diri untuk membersihkan tandas.[9]

Pada bulan itu, Wojtyła terjumpa seorang pelarian Yahudi berusia empat belas tahun bernama Edith Zierer. Edith cuba untuk berjumpa ibu bapanya. Beliau telah jatuh kelaparan.[10] Wojtyła memberi makanan kepadanya dan membantunya pergi ke stesen kereta api. Edith tidak mendengarnya lagi sehingga suatu hari apabila Wojtyła dipilih sebagai Paus.[11][12][13]